工藝系統分為七個子系統，一體化凈化系統（過濾器清洗稅、回收超濾濃水、設備沖洗水）、程控超濾預處理系統、二級反滲透脫鹽系統、反滲透濃水深度處理系統及EDI深度脫鹽系統。為穩定冬季產水量需增加原水加熱系統以及輔助配套設施：加藥裝置、設備化學清洗裝置、加氨裝置和鍋爐磷酸鹽加藥裝置等。